先天性属于睾丸发育不全。当患性器官幼稚、垂体功能下降等疾病时，两侧睾丸往往发育不全。如果胚胎发育异常导致睾丸下降不完全或隐睾，患侧睾丸发育不全，因为腹腔温度高于阴囊温度。
后天性睾丸萎缩主要是由创伤、睾丸疾病和感染引起的。睾丸闭合性创伤可导致睾丸出血和梗死。钉子、铁丝和其他锋利的工具也会刺伤睾丸。创伤还会导致精索扭转，阻碍血液供应，并危及睾丸的生存。因此，应尽快治疗睾丸损伤。
精索静脉曲张等某些疾病有时会导致睾丸萎缩，男性精索中的静脉因某种原因回流受阻，可发生蔓状盘曲扩张，称为精索静脉曲张。精索静脉曲张约占男性不育症的15%％20％。精索静脉曲张严重者睾丸一般萎缩。睾丸萎缩的原因可能是精索静脉抑郁、阴囊温度高于正常人、睾丸营养障碍和毒素。
感染也是睾丸萎缩的重要原因。常见的是腮腺炎会引起病毒性睾丸炎。如果发生在青春期以后，腮腺炎并发性睾丸炎会引起严重的局部炎症反应。鞘腔内液体积累过多，即急性鞘膜积液。天花、水痘、麻疹、流感等类似感染偶尔会引起继发性睾丸炎。
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