先天性因素主要指胎儿出生以前在母体内受到损害，它可造成大脑发育异常，生后出现癫痫发作。引起癫痫发作的先天因素大致可分为物理因素、化学因素和生物学因素。
1、物理因素 孕妇腹部受伤可直接使胎儿脑部受到损伤，或引起子宫出血、先兆流产等，影响胎儿大脑发育。过量的紫外线照射或其他射线的照射都可以损伤发育旺盛的胎儿大脑。
2、 化学因素 母亲怀孕期间服用各种能透过胎盘的、对胎儿有害的药物首先会影响大脑的发育。各种造成母体中毒的化学因素，同样影响影响胎儿大脑发育，生后出现癫痫发作。
3、 生物学因素：各种原因造成的孕妇营养不良，直接影响胎儿大脑发育；孕期的各种病原微生物感染，尤其是能透过胎盘的风疹、疱疹病毒及弓形体感染易造成胎儿大脑发育异常，生后出现癫痫发作。
先天因素造成的癫痫发作往往在胎儿出生后不就即表现出来，且常伴大脑发育不全和运动障碍。另外，还可伴有其他器官的异常或畸形。
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